小三通的構想

基於當時兩岸仍在意識形態上有兩岸貨運重大的分歧，重現三通的機會極微，但實際上兩岸居間在福建沿海和金馬地區早已有經濟上的交往。1992年3月中國福建省提出“兩門對開，兩馬先行”的“小三通”構想。這是由於“兩門”（即大陸的廈門和台灣的金門）和“兩馬”（即大陸的馬尾港和台灣的馬祖）均只是相距咫尺的地方，在此進行小規模的“三通”是可以說是在當時的限制中，帶來有利於兩岸民間發展的辦法。

初步的小三通構想，是在馬尾﹑廈門﹑湄洲灣興建供兩岸直航的專用碼頭，在廈門﹑金門兩島間鋪設海底電纜，和准許到大陸的台灣人在福州﹑廈門兩機場辦落地簽證。

1994年1月由中國大陸片面地實施《關於對台灣地區小額貿易的管理辦法》，指定福建﹑浙江﹑﹑上海﹑山東等東南沿海口岸，由台灣居民和大陸對台小額貿易進行“小額貿易”，“小額貿易”並不等於一般性的進出口業務。大陸當局將這種小額貿易定性為非官方的直接貿易和經交流。

1994年6月由金馬愛鄉聯盟提出《金馬與大陸小三通說帖》，表達希望能以“單向通航”﹑“定點直航”或“先海後空”﹑“現貨後客”等方式，漸漸進行小三通。

1997年4月19日，兩岸開始進行高雄與福州﹑廈門間的“不通關﹑不入境”的境外通航。

及至2000年3月21日，台灣的立法院通過《離島建設條例》第18條，訂明“為促進離島（指澎金馬地區）發展，在台灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門﹑馬祖﹑澎湖地區與大陸地區通航”（俗稱小三通條款），條例於同年4月5日實施。

2000年12月13日，台灣行政院根據《離島建設條例》通過《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，以作為小三通的管理依據。並於2001年1月1日開始實施，定點定時的貨客運通航。金廈“小三通”第二條航線2008年8月31日開通，航程僅半個小時，以及五通距離廈門高崎國際機場近的優勢，便利中轉到大陸各地的台商和旅客。水頭往返五通航線是金門“小三通”自2001年1月2日啟動以來，繼金門往返廈門東渡碼頭、泉州石井港之後的第三條客運航線，也是金廈之間第二航道。目前有“金門—廈門”、“馬祖—馬尾”、“金門—泉州”的小三通固定航班。